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    長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序樣本質(zhì)控專題

    來(lái)源: 江西立康(公眾號(hào))

    2022年4月,T2T聯(lián)盟(國(guó)際科學(xué)團(tuán)隊(duì)端粒到端粒聯(lián)盟)發(fā)表了首個(gè)完整的人類基因組。這一成就是通過(guò)實(shí)驗(yàn)和計(jì)算上的一系列創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)的,而長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序正是負(fù)責(zé)生成T2T數(shù)據(jù)的主要技術(shù)。因此,長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)被《Nature Methods》雜志評(píng)為2022年最佳科學(xué)方法,正幫助全球科學(xué)家從人類及其他物種的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組中獲得大量發(fā)現(xiàn)。無(wú)論是PacBio還是Nanopore技術(shù),在測(cè)序前,樣本的濃度和純度測(cè)量均可由NanoPhotometer?完成,結(jié)合完整性數(shù)據(jù),以確保樣本質(zhì)量符合測(cè)序要求。

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    坐標(biāo):意大利錫耶納大學(xué) 分子微生物學(xué)與生物技術(shù)實(shí)驗(yàn)室

    期刊:《Microbial Genomics》

    測(cè)序方法:Oxford Nanopore


    牛津納米孔技術(shù)是細(xì)菌基因組學(xué)的重要工具,使實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序可能。緩癥鏈球菌是一種革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌,屬于口腔共生微生物群。有時(shí)可能是感染性心內(nèi)膜炎、菌血癥和敗血癥等疾病的病因。緩癥鏈球菌基因組的重復(fù)性破壞了僅依靠短測(cè)序讀數(shù)的完整基因組的組裝。牛津納米孔測(cè)序被證明通過(guò)產(chǎn)生長(zhǎng)讀長(zhǎng)信息來(lái)克服這一限制,從而能夠解析基因組重復(fù)區(qū)域并組裝完整的基因組序列。由于納米孔測(cè)序運(yùn)行的輸出受到基因組DNA質(zhì)量和分子量的強(qiáng)烈影響,因此DNA分離是優(yōu)化測(cè)序運(yùn)行的關(guān)鍵步驟。

    研究小組發(fā)表了三種DNA分離方法的比較結(jié)果,這三種方法對(duì)高度重組的緩癥鏈球菌基因組的測(cè)序進(jìn)行了驗(yàn)證,旨在從樣本中分離出純高分子量DNA,作為牛津納米孔測(cè)序?qū)嶒?yàn)的模板。研究結(jié)果表明,使用基于機(jī)械裂解的方法分離的DNA,盡管成本更低、速度更快,但不會(huì)產(chǎn)生超長(zhǎng)讀?。ù笞x取長(zhǎng)度為59516個(gè)堿基),也不允許組裝圓形完整基因組。使用兩種基于酶解的方法分離的DNA產(chǎn)生超長(zhǎng)讀取,高達(dá)181199個(gè)堿基,實(shí)現(xiàn)了循環(huán)完整基因組組裝。這些方法可容易地應(yīng)用于從難裂解的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌中分離高分子量基因組DNA。


    NanoPhotometer?應(yīng)用:基因組DNA純度比值測(cè)量。

    坐標(biāo):美國(guó)明尼蘇達(dá)大學(xué)  動(dòng)物科學(xué)系

    期刊:《Nucleic Acids Research》

    測(cè)序方法:Oxford Nanopore


    接下來(lái)是克里斯托弗·福爾克(Christopher Faulk)在NAR上發(fā)表的突破性文章,闡述了長(zhǎng)讀測(cè)序的時(shí)間和成本節(jié)約潛力。通常,參考動(dòng)物基因組生成是一項(xiàng)耗時(shí)且成本高昂的操作。使用納米孔技術(shù)的DNA測(cè)序提供了直接、實(shí)時(shí)、長(zhǎng)讀取、可擴(kuò)展、便攜式、自動(dòng)化、快速和全面的基因組分析。

    Faulk僅在一周內(nèi)就花費(fèi)1000美元就對(duì)這一黑色木匠螞蟻的基因組進(jìn)行了測(cè)序。與核基因組一起,線粒體基因組與線粒體基因組以及生活在螞蟻體內(nèi)的兩種共生細(xì)菌一起組裝。納米孔技術(shù)還使同一只螞蟻的表觀遺傳學(xué)測(cè)量成為可能,并復(fù)制了其他顯示DNA甲基化程度很低的研究。參考基因組在連續(xù)性和蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性方面優(yōu)于其他螞蟻物種。這種方法將允許其他基礎(chǔ)型實(shí)驗(yàn)室以低成本創(chuàng)建高質(zhì)量的基因組組件。

    NanoPhotometer?應(yīng)用:基因組DNA純度比值測(cè)量。

    坐標(biāo):印尼布拉干薩理工大學(xué)  農(nóng)學(xué)和園藝系

    期刊:《Data in Brief》

    測(cè)序方法:PicBio

    野肉豆蔻(Myristica fatua)是印度尼西亞的一種重要香料,研究人員正在對(duì)該物種的基因組資源進(jìn)行分析,發(fā)表了 Myristica fatua編碼序列(CDS),作為第一個(gè)轉(zhuǎn)錄組參考,該序列利用牛津納米孔技術(shù)的長(zhǎng)讀測(cè)序獲得了全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組組件。從這些數(shù)據(jù)中可以獲得全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,這有助于研究基因表達(dá)分析。該信息為與肉豆蔻屬相關(guān)屬的作物育種計(jì)劃提供了EST微衛(wèi)星分子標(biāo)記數(shù)據(jù)集,并可用于鑒定與類黃酮生物合成相關(guān)的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄物,供分子生物學(xué)家在肉豆蔻屬和相關(guān)屬的下游分析中使用。

    NanoPhotometer?應(yīng)用:肉豆蔻葉中提取的RNA的定量和純度分析。

    坐標(biāo):波多黎各大學(xué)馬亞圭斯分校 生物學(xué)系

    期刊:《Genes》

    測(cè)序方法:PicBio


    大安的列斯群島的亞馬遜鸚鵡,代表了島嶼上物種形成的一個(gè)模型,類似于加拉帕戈斯群島的達(dá)爾文雀。亞馬遜鸚鵡從中美洲大陸遷徙大安的列斯群島,但對(duì)于這種情況發(fā)生的方式和時(shí)間沒(méi)有達(dá)成共識(shí)。多國(guó)組成的研究小組發(fā)表了一項(xiàng)研究,該研究對(duì)大安的列斯群島所有現(xiàn)存亞馬遜鸚鵡物種(a.leucocephala、a.agilis、a.claria、a.ventralis和a.vittata)進(jìn)行了長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序,并注釋了完整的線粒體基因組,包括注釋的線粒體基因組圖,種群多樣性和進(jìn)化歷史。

    這項(xiàng)研究的數(shù)據(jù)支持踏腳石擴(kuò)散(stepping-stone dispersal)和物種形成假說(shuō),該假說(shuō)描述了祖先種群從中美洲大陸抵達(dá)時(shí),大約開始于3.47 MYA(百萬(wàn)年前),并導(dǎo)致了整個(gè)安的列斯群島物種的多樣化,到達(dá)波多黎各島在0.67 MYA。這一分析有助于理解進(jìn)化歷史,和對(duì)序列變化進(jìn)行后續(xù)評(píng)估,并有助于設(shè)計(jì)未來(lái)的保護(hù)工作。

    NanoPhotometer?應(yīng)用:提取的基因組DNA濃度測(cè)量。


    如果您使用基因測(cè)序作為研究手段,可根據(jù)通量需求選擇多種型號(hào)的NanoPhotometer?作為對(duì)少量或大量樣本質(zhì)控的工具。相信Implen能夠成為您在基因測(cè)序工作中值得信賴的好幫手。哪里有測(cè)序,哪里就有Implen。

    涉及的研究論文地址:

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8942023/

    https://doi.org/10.1093/nar/gkac510

    https://doi.org/10.1016/j.dib.2022.108838

    https://doi.org/10.3390/genes12040608


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